# ========= [INFO] ==========
# Mut inCB: not accepter mutation in BC
# Mut inMS: 2
# ReadIn  : /env/gfs/Projects/yshen/21_SophieMS_Iseq100/Papier/Example/Example_II.1/Output/3_BAM_Fusion_min3ReadByGrp/10-N3-12cycles-IDT.unmapped.bam
# seq_deb : CTCGGTG
# seq_fin : TATGG
# MS_seq : AC
# excl : G,T
# nom  : AC20
# =============================
#
#-------------- Filt ------------------
# condiGrep: CTCG.TG[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+.ATGG|CTCG.TG[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+T.TGG|CTCG.TG[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TA.GG|CTCG.TG[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TAT.G|CTCG.TG[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TATG.|CTCGG.G[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+.ATGG|CTCGG.G[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+T.TGG|CTCGG.G[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TA.GG|CTCGG.G[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TAT.G|CTCGG.G[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TATG.|CTCGGT.[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+.ATGG|CTCGGT.[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+T.TGG|CTCGGT.[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TA.GG|CTCGGT.[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TAT.G|CTCGGT.[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TATG.
# condiGrep Rev-Compt: .CATA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+.ACCGAG|C.ATA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+.ACCGAG|CC.TA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+.ACCGAG|CCA.A[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+.ACCGAG|CCAT.[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+.ACCGAG|.CATA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+C.CCGAG|C.ATA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+C.CCGAG|CC.TA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+C.CCGAG|CCA.A[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+C.CCGAG|CCAT.[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+C.CCGAG|.CATA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+CA.CGAG|C.ATA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+CA.CGAG|CC.TA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+CA.CGAG|CCA.A[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+CA.CGAG|CCAT.[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+CA.CGAG
#--------------------------------------
module load picard/2.8.2
> java -jar /env/gfs/apps/picard/2.8.2/picard.jar SortSam I=/env/gfs/Projects/yshen/21_SophieMS_Iseq100/Papier/Example/Example_II.1/Output/3_BAM_Fusion_min3ReadByGrp/10-N3-12cycles-IDT.AC20.unmapped.sam O=/env/gfs/Projects/yshen/21_SophieMS_Iseq100/Papier/Example/Example_II.1/Output/3_BAM_Fusion_min3ReadByGrp/10-N3-12cycles-IDT.AC20.unmapped.sort.sam SORT_ORDER=queryname 
# [Creat: /env/gfs/Projects/yshen/21_SophieMS_Iseq100/Papier/Example/Example_II.1/Output/3_BAM_Fusion_min3ReadByGrp/10-N3-12cycles-IDT.AC20.unmapped.bam ]
